Deniz ve İç Sular Araştırmaları Stratejik İş Birimi 20 araştırmacı (10 doktora) ve 4 uzman teknisyenden oluşan 24 kişilik bir ekiple faaliyet göstermektedir. 2014 yılı Ocak ayı itibarı ile birimde toplam yaklaşık 21 milyon TL bütçe hacimli 15 proje yürütülmektedir. Birimin yakın geçmişte tamamladığı ve yürütmekte olduğu projeler Çevre ve Şehircilik Bakanlığı, Orman ve Su İşleri Bakanlığı, Kalkınma Bakanlığı, Ulaştırma Denizcilik ve Haberleşme Bakanlığı, TÜBİTAK KAMAG, Elektrik Üretim A.Ş., Bakü-Tiflis-Ceyhan Boru Hattı Şirketi, Kocaeli Büyükşehir Belediyesi ve Avrupa Komisyonu tarafından desteklenmiştir. Deniz ve İç Sular Stratejik İş Birimi’nin uzmanlık alanları arasında kıyı, deniz ve göl ekosistem çalışmaları, uygulamalı oşinografi ve modelleme, denizcilik faaliyetlerinin yönetimi, kıyı ve deniz alanları yönetimi, CBS, geomatik ve uzaktan algılama ile mevzuat, politika ve karar desteği yer almaktadır. Birim araştırmacıları proje çalışmalarına ek olarak çeşitli ulusal ve uluslararası kurul, komite ve uzman gruplarında temsilcilik yapmakta ve işbirliği ağlarında yer almaktadır.